La caída de Cohen ocurrió poco tiempo después de la de otro combatiente, Wolfgang Lutz (Zeev Gur Arie) en El Cairo. Muchos consideran que ambos fracasos, que paralizaron al Mosad por mucho tiempo, fueron sobre todo la consecuencia de un exceso de seguridad por parte de los combatientes y sus superiores, que confiaban en que la historia-pantalla resistiría siempre. Otro motivo es la utilización de los agentes para misiones demasiado amplias y variadas, lo que despertó sospechas. En el informe del Mosad sobre Cohen, se escribió, por ejemplo, que habían sido preparadas para él pequeñas cargas explosivas que trasladó a un escondite en Damasco. La intención era enviar a Cohen, si fuera necesario, y en momentos de emergencia, a efectuar distintos actos de sabotaje. Estos, como se ha dicho, no estaban vinculados a la misión para la cual había sido destinado. También se le pidió localizar criminales de guerra nazis que habían encontrado refugio en Damasco.
Entonces, ¿qué fue lo que llevó en verdad a la captura de Eli Cohen? “La nube de niebla alrededor de las causas y las circunstancias de su caída, aún no se ha disipado”, fue consignado en el informe del Mosad revelado aquí. “Aún no sabemos determinar de manera decisiva e inequívoca, sobre la base de informaciones explícitas, la causa verdadera de esta dolorosa caída”.
Hay factores en la Inteligencia israelí que han llegado a la conclusión que “de tantos esfuerzos para ocultar la tumba por temor a que el cuerpo de Eli Cohen sea secuestrado por el Mosad, los sirios mismos ya no saben dónde lo enterraron”.
En el informe se presentaron distintas opiniones acerca de su captura. Entre ellas: “La calidad de su pantalla comercial, sus movimientos y sus viajes hacia el destino y desde él, el paso de una recolección simple y pacífica a una intencionada, el ocuparse de misiones operativas excesivas que se le encomendaron en el transcurso de su gestión, que pudieron también haber despertado sospechas a su alrededor e incluso ponerlo en peligro".
“De todas maneras”, se registró en el informe, “no descartamos otras posibilidades en cuanto a los motivos de la caída, y suponemos que inevitablemente en el transcurso de la operación se cometieron errores por parte del Cuartel, y tal vez por parte de Eli también. En el aspecto de seguridad, en el operativo y en el de inteligencia.
La conjetura de los factores que se ocuparon del tema desde aquel entonces, es que “la totalidad de las transmisiones desde el destino y hacia él, es la causa principal más razonable de su caída a manos de los sirios”. Esta es una formulación moderada respecto de que Cohen envió mucho más de lo que se le permitía, y a pesar de las observaciones emanadas del Cuartel aquí y allá, no se le impuso la disciplina pertinente.
Una noticia recibida de un servicio de inteligencia occidental en febrero de 1965, señalaba que la captura de Cohen fue provocada por una acción de localización puntual de una actividad de comunicación, y que los servicios de seguridad sirios tienen el equipo adecuado para tal fin. En marzo de 1965 fue publicada una entrevista en Líbano con el jefe sirio de “la segunda oficina”, Ahmed Swidani. Evitó detallar las causas y circunstancias de la captura de Cohen, pero sostuvo que estaba bajo seguimiento desde hacía más de un año. Al Mosad llegaron informes durante los años 1968-1971 de algunas fuentes sirias, según las cuales Cohen fue localizado por ellos mediante el seguimiento de sus transmisiones, y que sus mecanismos de seguridad crearon una Unidad de localización para detectar comunicaciones secretas, disponiendo de un equipamiento adecuado proveniente de la Unión Soviética.
Cohen fue torturado duramente y entregó información sobre el Mosad y sus métodos. Fue juzgado por un tribunal militar, siendo uno de los jueces el general Abad Alhalim Hatum, uno de los oficiales con quienes habían compartido las fiestas salvajes en casa de Cohen. Ante él fueron traídas también las prostitutas, que Cohen había contratado para entretener a los oficiales.
El 18 de mayo de 1965 Cohen fue ejecutado en la horca. Sus fotografías del juicio, con las marcas de las torturas visibles en su rostro, y su figura colgada en una calle de Damasco, dejaron una penosa impresión en la opinión pública israelí. La información que aparentemente proveyó cuando le arrancaron las uñas y le aplicaron descargas eléctricas en zonas sensibles de su cuerpo, cayeron como una calamidad en la comandancia del Mosad. La viuda de Cohen, Nadia, continuó acusando muchos años después a Meir Amit por su muerte. No obedeció al pedido de su esposo en la carta de despedida que le envió y quedó sola. El agente Jalaf no olvidará ese día: “Lo miré, a mi Eli, en las transmisiones de la TV siria y vi en su rostro los tormentos infernales que padecía. Estaba consternado. Quería gritar, hacer algo, tomar una pistola e irrumpir en la cárcel Al Maza, golpearme la cabeza contra la pared para que se parta, hasta que logremos salvarlo. Y lo mataron y no nos quedaba más que estar de pie frente a él”.
